Latin: Barbastella barbastella og Myotis daubentonii
Der er mange arter af flagermus på Horreby Lyng. Af de 12 arter der findes på Lolland-Falster, er de 11 arter set i mosen. Nogle arter bor i de gamle træer, hvor de om dagen gemmer sig i spættehuller, revner eller under noget løst bark. Andre bor i huse uden for mosen og flyver hver nat ind for at jage. Alle danske flagermus spiser udelukkende insekter. En af Danmarks mest sjældne flagermus Bredøret Flagermus, Barbastella barbastella, finder man i mosen. Om natten ses der mange Vandflagermus, Myotis daubentonii, som flyver ind i mosen og søger føde over de åbne mose- og vandflader.
Hør om flagermus i mosen med flagermusekspert Thomas W. Johansen
Brandmusen er en lille mus på op til 10 cm som er let genkendelig på dens sorte rygstribe på den rødbrune krop. Brandmusen lever i gangsystemer i de tørre dele af mosen, hvor den også har sine forrådskamre og redehule. I Danmark var den indtil for nylig kun kendt på Lolland-Falster, men der er nu også set enkelte isolerede bestande i Midtjylland.